Феномен музея МКФ заключается в его уникальности. Во-первых, это первый и единственный в своём роде многопрофильный музей, посвященный и истории освоения космоса и научно-исследовательским судам МКФ, пропагандирующий достижения отечественной науки, техники и оказывающий значительное влияние на эволюцию мышления подростков. Во-вторых, в музее демонстрируются посетителям собранные и бережно восстановленные исторические артефакты о существовании уникальной Космической флотилии и людях, отдавших лучшие годы своей жизни служению Отчизне. Сейчас музейный фонд насчитывает более 1000 экспонатов. В-третьих, музей МКФ вошёл в сеть музеев страны (ОМКОС) об освоении космоса, а его экспонаты составили музейный и архивный фонд истории Академии наук и Космических войск нашей Родины.